Actualmente contamos con tres programas de posgrados propios:

• Doctorado en Ciencias (Óptica).
  Programa en la categoría de "Competencia Internacional".
• Maestría en Ciencias (Óptica).
  Programa en la categoría de "Competencia Internacional".
• Maestría en Optomecatrónica
  Programa en la categoría "Consolidado".

Todos ellos se encuentran dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad de CONACYT. Este programa es un referente consolidado en nuestro país para reconocer a los posgrados que cuentan con núcleos académicos básicos, altas tasas de graduación, infraestructura necesaria y alta productividad científica o tecnológica, lo cual les permite lograr la pertinencia de su operación y óptimos resultados.

Además, junto con otros seis centros CONACYT, el CIO desarrolla el Programa de Posgrados Interinstitucional en Ciencia y Tecnología (PICYT), en los niveles de Maestría y Doctorado.

Por otro lado el Centro cuenta con un programa de colaboración con la División de Ciencias e Ingenierías de la Universidad de Guanajuato, para la impartición de cursos de la Licenciatura en Física e Ingeniería Física.

Asimismo estudiantes de otras Instituciones de Educación Superior del país y del extranjero pueden realizar en el CIO diversas actividades de formación siendo asesorados por los investigadores de nuestra institución tales como estancias de investigación, desarrollo de tesis, prácticas profesionales, veranos de la ciencia, entre otros.